Najwyższa Izba Kontroli sprawdzała GDDKiA pod względem legalności, rzetelności, celowości i gospodarności działań. Kontrola objęła centralę Dyrekcji i dziewięć oddziałów regionalnych. Stwierdzono, że Dyrekcja jest nieprzygotowana i nierzetelna, a w jednostkach nie wykonywano zadań zleconych przez centralę.
Negatywnie oceniono pracę Zarządu Dróg Krajowych oraz organu zarządzającego ruchem. NIK skrytykował też nadzór nad budową nowych dróg.
Inspektorzy w pokontrolnym raporcie podkreślili, że struktura GDDKiA nie została zmieniona od 2002 roku, gdy instytucja ta powstała. Nie dostosowano jej do zadań, co zdaniem NIK skutkowało niewykonywaniem zadań lub ich niewłaściwym wykonywaniem.
NIK ujawnił, że choć prawo nakłada na szefa GDDKiA 49 szczegółowych zadań, to w wewnętrznym regulaminie wymienionych jest tylko 14 z nich, co oznacza, że do pozostałych nie było wytycznych.
Najwyższa Izba Kontroli skrytykowała brak współpracy z samorządem, brak prowadzenie prac studialnych nad płatnymi autostradami, nieprowadzenie prac nad utworzeniem systemu elektronicznego poboru opłat i koordynacji robót w pasie drogowym. Negatywne oceniono też funkcjonowanie kontroli wewnętrznej."Czy GDDKiA jest w stanie wybudować autostrady na Euro 2012? To jest pytanie do pana ministra Grabarczyka" - powiedział Kościelniak.
